柯尔克孜族宗教信仰主要为伊斯兰教，属伊斯兰教逊尼派的哈乃菲教派。

　　此外，新疆额敏县柯尔克孜族主要信仰喇嘛教，而黑龙江富裕县的柯尔克孜族，除保留古代柯尔克孜族的原始宗教萨满教的某些信仰之外，也主要信仰喇嘛教。